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高新技术企业的账务处理，与普通企业大部分相同，基本差别是在高新技术企业更要做好研发费的归集的账务处理，并做好高新技术产品或服务收入的核算，因为这些是高新技术企业初审与复审必须满足的条件。此外，高新技术企业的所得税适用15%的优惠税率，在计提企业所得税时是需要注意的。
一般来说，苏州高新技术企业代理记账价格对比普通企业要贵些，一般市价在每月600元-1000元上下，每年度收费标准大概为7000元左右。
1、研发费用不达标，申请高新必然会被否决
2、高新收入、研发费用的处理不规范，存在涉税风险
3、在复核和复审过程中，过分追求认定指标影响会计确认，存在涉税风险
4、忽视研发费用辅助账跟财务账的对应关系，存在稽查风险。
综上所述，加强涉税风险管理和控制，是相当重要的!选择高新代理记账专业、省心、省力，能为企业规避风险，在高企发展保驾护航。
如果对企业研发费用概念不清、凭感觉处理，就会让企业稀里糊涂输在了“高新申请”的路上，主要涉及以下8大难点
难点1：一人参与多个研究开发项目，薪酬怎样分摊
难点2：研发费用的直接投入的认定和分配，到底依据是什么
难点3：设计费，是归集到委外呢还是企业内部设计费用呢
难点4：如何确认委托外部研究开发的真实性及准确性
难点5：购入仪器和设备是在研发费用还是生产成本中摊销呢
难点6：装备调试费是放在大规模商业化生产还是研究开发活动呢
难点7：无形资产在生产经营和研究开发活动同时使用，如何摊销
难点8：办公费、差旅费等怎么确定与研发项目的真实相关呢
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